
LUNDS UNIVERSITET · Malmö
Beskrivning av arbetsplatsen Lund University Diabetes Centre (LUDC; www.ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av världens st...
Beskrivning av arbetsplatsen
Lund University Diabetes Centre (LUDC; www.ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av världens största diabetescentrum med cirka 300 anställda (forskare och övrig personal) som arbetar för att förebygga diabetes samt förbättra diagnostik och behandling av diabetes. För att nå dessa mål arbetar vi vid centret för att kombinera expertis inom genetik, epidemiologi, bioinformatik, molekylär- och cellbiologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi. LUDC har stora unika biobanker och databaser med helgenomsdata länkade till nationella register med data om sjukdomsuppkomst och -förlopp, samt till register med data om behandling och behandlingsrespons. Centret har egna plattformar för de flesta molekylära genetiska metoderna och metabolomik.
Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Den sökande som anställs (bioinformatikern) kommer att ingå i enheten för bioinformatik vid LUDC, som innefattar två bioinformatiker, en biostatistiker, en data manager, en dataingenjör och en IT-data manager (LUDC Bioinformatics Unit | LUDC). Enheten tillhandahåller bioinformatik, biostatistik och computational support till alla som är anslutna till LUDC, samt tillgång till en datormiljö med hög prestanda. Supporten omfattar delaktighet i både långsiktiga forskningsprojekt och mindre omfattande projekt, samt att vara tillgänglig för konsultationer, frågor och vägledning inom ramen för olika LUDC-projekt.
Du kommer att hantera förfrågningar och leverera kort- och långsiktiga bioinformatiklösningar till forskare vid LUDC som inte är bioinformatiker och måste kunna kommunicera effektivt med personer som inte är experter på området och planera/fördela sin tid mellan flera olika projekt. Bioinformatikern kommer att bidra till förberedandet av manuskript med state-of-the-art-analyser och bilder/grafer av publikationskvalitet.
Bioinformatikern kommer att vara involverad i alla aspekter som ingår för utveckling, implementering och hantering av bioinformatics/computational pipelines för varierande typer av data, inklusive men inte begränsat till genomik, epigenomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik, samt kliniska data och metadata. Vi förväntar oss även att bioinformatikern oberoende följer utvecklingen i bioinformatikfältet, för att kunna förbättra befintliga pipelines och presentera alternativa lösningar för hur man bäst använder tillgängliga data och resurser.
En annan viktig del av det arbete som bioinformatikern kommer att utföra omfattar kvalitetskontroll, bearbetning och analys av data för Human Tissue Laboratory (HTL), en mycket viktig resurs för LUDC-forskare. HTL samlar in humana vävnadsprover för forskningsändamål och utför centrala analyser av dessa material vilka är tillgängliga för kollegor vid LUDC och Uppsala universitet.
Den sökande förväntas även delta i utbildningen av och ge support till LUDC:s personal och forskare vid valet och användningen av bioinformatikverktyg.
PhD i bioinformatik, matematik, molekylärbiologi, statistik, datavetenskap eller annat närliggande fält.
bevisad erfarenhet av att tillämpa kvantitativa metoder på dataanalysuppgifter, samt erfarenhet av programmering och computing cluster.
praktisk erfarenhet av att hantera, analysera och annotera olika typer av omikdata från högkapacitetstekniker, såsom single-cell-, bulk- och spatial RNA-sekvensering, ChIP-seq, CUT&RUN, DNA-metyleringsanalyser, eQTL-kartläggning och immunrepertoarsekvensering, både i explorativa analyser och i standardiserade analysflöden.
färdighet i R och kunskap och erfarenhet från BASH/UNIX.
erfarenhet av biostatistik samt maskininlärningsalgoritmer och ramverk (t.ex. scikit-learn, Keras och TensorFlow).
erfarenhet av dataanalys och datautvinning för att identifiera trender och producera betydelsefulla datavisualiseringar. Erfarenhet av webbaserade bioinformatikverktyg och offentliga databaser med biologiska data.
mycket kapabel att samarbeta i tvärvetenskapliga team, som kan inkludera laboratorieforskare, läkare, epidemiologer, bioinformatiker, statistiker och dataanalytiker.
vi kommer även att överväga personliga egenskaper där självmotiverade och flexibla individer, som klarar av att arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt, att hantera flera projekt parallellt och att prioritera och möta deadlines, kommer att prioriteras.
dokumenterad muntlig och skriftlig utmärkt färdighet i kommunikation på engelska.
erfarenhet av att arbeta med reproducerbara forskningsverktyg såsom R Markdown/Quarto, Git, Conda, Snakemake eller andra arbetsflödesspråk och containerbaserade lösningar.
erfarenhet av artificiell intelligens (AI), maskininlärning och djupinlärning för analys av biologiska och biomedicinska data.
GitHub-profil med kodexempel är fördelaktigt.
erfarenhet av något annat programmeringsspråk (t.ex. Python, Java, Perl).
erfarenhet av att arbeta med multi-omics dataintegration.
erfarenhet av analys av metagenomik- och (fosfo)proteomikdata.
utmärkta kommunikationsegenskaper (både muntliga och skriftliga), som inkluderar muntliga föredrag och posterpresentationer.
erfarenhet av utbildning och/eller undervisning.
erfarenhet av att arbeta i en internationell miljö.
Övrigt
Anställningen är tillsvidareanställning på 100 %, med tillträde 1 oktober 2026 eller enligt överenskommelse. Provanställning i sex månader kan komma att tillämpas.
Så här söker du
Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis, publikationslista och uppgifter till 3 referenser.
Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan
Öppen för alla
Vi fokuserar på din kompetens, inte dina övriga förutsättningar. Vi är öppna för att anpassa rollen eller arbetsplatsen efter dina behov.
Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor. Beskrivning av arbetsplatsenSciLifeLab (www.scilifelab.se), som grundades 2010, är ett nav för life science-forskning i Sverige och ett samarbete mellan svenska universitet. Den anställde kommer att arbeta vid SciLifeLab Data Centre (DC), som ansvarar för IT-frågor och forskningsdatahantering för SciLifeLabs teknologiplattformar och andra SciLifeLab-organiserade program och aktiviteter, bl.a. det nationella forskningsprogrammet för datadriven livsvetenskap (DDLS). Vi har ett nationellt uppdrag och driver tjänster för livsvetenskapliga data och e-infrastruktur, men även frågor om FAIR, öppen vetenskap och datadriven forskning, i stark samverkan med nationella och internationella aktörer. Hos oss har du möjlighet att aktivt påverka hur IT integreras i framtidens hälso- och miljöforskning, och arbeta för öppenhet, reproducerbarhet och största möjliga vetenskapliga genomslag för de stora mängder forskningsdata som genereras i fältet. Du kommer att arbeta med forskare, dataingenjörer, data stewards, och systemutvecklare i ett snabbt växande, dynamiskt och progressivt team med en ledande roll i landet. Anställningen är placerad vid Lunds universitet, inom SciLifeLab Lunds organisatoriska enhet med rapportering i linjen direkt till dess föreståndare. Arbetet leds av föreståndaren för SciLifeLab Data Centre. Arbetsuppgifter och ansvarsområdenSciLifeLab Data Centre (DC) söker en chef för vårt verksamhetsområde för vetenskapliga datatjänster. Området anställer idag ca 20 systemutvecklare och dataingenjörer med placering vid ett flertal av våra partneruniversitet, som fokuserar på utveckling, drift och support av datatjänster med vetenskapligt och bioinformatiskt innehåll, t.ex. för AI-modeller och beräkningsapplikationer, FAIR delning av forskningsdata för infektionssjukdomar, biodiversitet, bilddata, cell- och molekylärbiologi etc. Tjänsterna utvecklas baserat på behov från SciLifeLabs användare och som en del av SciLifeLab Data Centres uppdrag som digital infrastruktur. Arbetet vänder sig mot användare inom nationell infrastruktur såväl som vid programmet för Data-Driven Life Science (DDLS) och svenska life science-forskare i allmänhet. Ett fokus för kommande år är att bygga upp gemensamma integrativa tjänster för multimodala data genererade vid SciLifeLabs infrastrukturplattformar. Som chef för området kommer du att ansvara för personal- och ekonomifrågor för verksamhetsområdet, ingå i vår ledningsgrupp, och samordna arbetet inom området med andra verksamhetsområden vid DC. Detta inkluderar t.ex. områden för forskningsdatahantering, IT och tjänsteförvaltning. Du kommer även att ha en nyckelroll för DC’s strategiska arbete inom SciLifeLab för digital infrastruktur, och inom vårt samverkansarbete gentemot universitetsförvaltning, andra nationella infrastrukturer (t.ex. NAISS, SUNET och SND) samt internationella partners (t.ex. EMBL, CSC, CERN och VIB). DC har en starkt forskningsdriven verksamhet och du kommer särskilt att utveckla denna del hos oss. Du förväntas ha lång och internationell erfarenhet som chef och forskare vid infrastrukturer för bioinformatik och life science, och kunna ta en aktiv och drivande roll för att utveckla och leda verksamhet och organisation inom DC. Du behöver ha en stark egen erfarenhet som forskare. En hög förmåga till samverkan och kommunikation krävs både som en del av ledningen, gentemot samarbetspartners, och mot användargrupper. Placering är vid Lunds Universitet, och du kommer att särskilt utveckla DC’s nationella samverkan i Lund och södra Sverige, men din roll är ett tydligt nationellt uppdrag som chef och kräver god närvaro och förmåga att leda en nationellt distribuerad verksamhet. Kvalifikationer Krav för tjänsten: Du ska ha doktorsexamen inom relevant ämne, och minst tio års erfarenhet som chef med personal- och budgetansvar och strategiarbete vid internationell infrastruktur inom life science eller bioinformatik. Dokumenterad flerårig erfarenhet av egen forskning inom life science/bioinformatik Dokumenterad erfarenhet av storskalig datahantering, högpresterande beräkningssystem (HPC), GPU-acceleration samt parallella filsystem Dokumenterad erfarenhet att leda personal och verksamhet för bioinformatikstöd och utveckling av bioinformatiska tjänster och verktyg Dokumenterad erfarenhet att säkra konkurrenssatt finansiering för egna projekt, samt driva dessa som PI Dokumenterad erfarenhet av träning och utbildning av forskare och teknisk personal inom life science Dokumenterad erfarenhet i egen roll som systemutvecklare med erfarenhet av teknologier för containerisering, t.ex Docker Mycket god förmåga att kommunicera obehindrat på engelska, i tal och skrift Önskvärt/meriterande i övrigt Kunskap om eller intresse för svensk biomedicinsk forskning och infrastruktur Erfarenhet av att arbeta med Scrum eller liknande agila metoder Erfarenhet av strategiutveckling för digital infrastruktur Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Den sökande ska ha mycket god samarbetsförmåga, initiativförmåga och goda kommunikativa kvaliteter, samt kunna visa aktiv kompetensutveckling relevant för arbetsbeskrivningen. Som person bör du vara flexibel, kreativ och serviceinriktad. Du bör även vara kvalitetsmedveten samt mål- och resultatinriktad. Övrigt Anställningen är tillsvidare på heltid med önskat tillträde den 2026-09-01 eller enligt överenskommelse. Provanställning under 6 månader kan komma att tillämpas. Så här söker du Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter.Ansökan ska även innehålla CV eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av examensbevis.) Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.
Vi vill till enheten för Klinisk patologi och genetik rekrytera sjukhusgenetiker eller bitr. sjukhusgenetiker. Klinisk genetik i Örebro startades under 2022, och vi har lyckats lägga en bra grund med stor utveckling på labb samt inrättande av mottagningsverksamhet. Vi har stora möjligheter att bygga bra flöden från grunden och kan utveckla och implementera den genetiska diagnostiken med ett nära samarbete med övriga kliniker i Regionen. Arbetsuppgifter Du kommer att arbeta tätt i ett team med specialister, ST-läkare, genetiska vägledare, sjukhusgenetiker, bitr. sjukhusgenetiker, BMA, molekylärbiologer och bioinformatiker. Som sjukhusgenetiker besvarar du självständigt diagnostiska genetiska analyser, både ärftliga- samt förvärvade sjukdomar samt är delaktig i laboratoriets drift. För närvarande används primärt massiv parallellsekvenseringsteknik för exomsekvensering och riktade paneler, även MLPA utförs. Ytterligare molekylära metoder och nya tekniker inom den molekylärgenetiska diagnostiken kan komma att bli aktuella framöver. Vår enhet är forskningstät och verksamhetsutveckling är en naturlig del av arbetet. Möjlighet finns att parallellt med det kliniska arbetet bedriva egenfinansierad forskning eller delta aktivt i andras forskningsprojekt. Hos oss får du arbeta i ett positivt gäng där vi tillsammans tar oss an utmaningar och förändringar. Kvalifikationer Examinerad sjukhusgenetiker med praktisk erfarenhet av klinisk molekylär diagnostik, och erfarenhet att besvara genetiska analyser, alternativt disputerad molekylärbiolog/biomedicinsk analytiker med betydande erfarenhet av genetisk diagnostik. Erfarenhet av MPS/NGS, bioinformatiska analyser samt validerings- och kvalitetsarbete vid genetiska analyser är meriterande. Svenska språknivå C1, alternativt norska eller danska. Vi fäster stor vikt vid att du har ett gott bemötande samt service- och ansvarskänsla. Ansökan Ansökan ska innehålla CV och personligt brev. Intyg, betyg, examensbevis med mera ska lämnas vid en eventuell intervju. Om du är eller tidigare varit anställd i Region Örebro län kommer vi ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef, om du blir aktuell för anställning. Kontroll av registerutdrag från Polismyndigheten kan komma att ske enligt aktuell lagstiftning. Som anställd i Region Örebro län omfattas du av trygga kollektivavtal. Läs mer om villkor och förmåner. Vi sätter löner individuellt och differentierat. Läs mer om lön och lönestatistik. Vi krigsplacerar våra tillsvidareanställda och i vissa fall även visstidsanställda. Läs mer om vad det innebär. Om verksamheten Verksamhetsområde laboratoriemedicin har ett samlat ansvar för den laboratoriemedicinska service som bedrivs vid laboratorierna inom Universitetssjukhuset Örebro, Karlskoga lasarett och Lindesbergs lasarett. Vi driver en bred verksamhet inom områdena klinisk kemi, bakteriologi, virologi, immunologi, transfusionsmedicin inklusive terapeutisk plasmaferesbehandling, patologi, cytologi och molekylärgenetik. Inom verksamhetsområdet ryms även Sterilteknik. Här arbetar närmare 300 personer med rutindiagnostik, forskning och utveckling samt utbildning. Universitetssjukhuset Örebro (USÖ) är ett av länets tre akutsjukhus där vi bedriver avancerad sjukvård, forskning och utbildning. Både 2020 och 2019 mottog USÖ tidningen Dagens Medicins prestigefyllda utmärkelse Bästa universitetssjukhus. USÖ vann den tyngsta kategorin medicinsk kvalitet, hade bästa resultat i kategorin tillgänglighet, ekonomi, samt kategorin att undvika trycksår och överbeläggningar. USÖ toppar också resultatet i områdena hjärta, njursvikt och kärlkirurgi. USÖ har cirka 3500 anställda. Vi som arbetar här är mycket stolta över vårt sjukhus och bygger vårt arbete på samarbete, utveckling och professionalism. Region Örebro län är en av länets största arbetsgivare. Tillsammans med 11 000 kollegor kan du skapa ett bättre liv för de vi finns till för. Hos oss finns meningsfulla och samhällsviktiga jobb där du kan göra skillnad i invånarnas vardag, hälsa och livskvalitet. Dygnet runt, året om, ansvarar vi för hälso- och sjukvård, tandvård och länets kollektivtrafik. Vi har också det regionala utvecklingsansvaret i länet och ett uppdrag att bidra till kulturlivet. Övrig information Välkommen med din ansökan! Vi har gjort vårt medieval för denna rekrytering och undanber oss därför erbjudanden om annonserings- och rekryteringshjälp i samband med denna annonsering.
Tillsammans utvecklar vi Sahlgrenska Universitetssjukhuset för en hållbar framtid. Vi ställer om hälso- och sjukvården med målet att vara Europas ledande universitetssjukhus 2032. Tillsammans med patienterna arbetar vi för kvalitet, tillgänglighet, patientsäkerhet, forskning, utbildning och innovation – i ett sammanhållet hälso- och sjukvårdssystem i Västra Götalandsregionen. Vår vision och våra mål tar sikte mot en vård av yttersta kvalitet, där patienten alltid är i fokus. Vi erbjuder hälso- och sjukvård lokalt och regionalt, men också högspecialiserad vård till patienter i hela landet och utomlands. Våra medarbetare är vår styrka och de bidrar i kunskapsutbyten nationellt och internationellt. Med digitala verktyg och nya arbetssätt kan vi förenkla vardagen på sjukhuset och erbjuda en modern, tillgänglig och effektiv vård av högsta kvalitet. Om oss Klinisk genetik och genomik vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset (SU) har cirka 170 medarbetare och ansvarar för genetiska analyser inom laboratoriemedicin. Utöver detta analyseras prover inom forskningsuppdrag i nära samarbete med Sahlgrenska akademin (SA)/Göteborgs universitet (GU). Verksamheten är ackrediterad enligt ISO 1589:2022. Centrum för Medicinsk Genomik (CMG), som del av verksamheten, utför all genetisk diagnostik inom förvärvad och ärftlig cancer, fosterdiagnostik samt sällsynta sjukdomar och präglas av förändringsarbete och utveckling. Enheten för Genetisk Analys och Bioinformatik (GAB) ingår i centrumbildningen och har drygt 30 medarbetare. Det sker ett nära samarbete inom ledningsgruppen och mellan enhetscheferna då man gemensamt omhändertar CMG:s uppdrag. Arbetet Som enhetschef för GAB arbetar du i ett gemensamt chefskap. Du är direkt underställd verksamhetschefen för Klinisk genetik och genomik och ingår i verksamhetsledningen. I rollen bidrar du aktivt till verksamhetens måluppfyllelse och utveckling. Du ansvarar för att leda, planera och utveckla enheten och medarbetarna utifrån uppdraget samt givna organisatoriska och ekonomiska ramar. I uppdraget ingår även att driva och stödja strategiska vägval inom metoder, teknik och bioinformatik. Initialt avser tjänsten ett delat ledarskap tillsammans med befintlig chef, som även är centrumföreståndare för CMG. På sikt kommer enheten att delas och planering av denna förändring blir en del av uppdraget, vilket innebär att rollen successivt får en mer självständig prägel. Tjänsten innebär ett femårigt chefsförordnande med tillsvidareanställning i grundprofessionen. I tjänsten finns det möjlighet för egen forskning inom relevant ämnesområde. I rollen ingår att inom ledningsstrukturen utveckla medarbetarnas roller i den matris som GAB utgör inom centrumstrukturen. Medarbetarna på GAB arbetar med tolkning och utveckling inom samtliga teknikområden. Snabb utveckling kräver investeringar i infrastruktur och kompetens och arbetssätten utvecklas ständigt exempelvis för omställning till Next generation sequencing (NGS) som används för våra analyser inom klinisk patologi, klinisk genetik, klinisk mikrobiologi, klinisk immunologi och transfusionsmedicin samt klinisk kemi. Genom stärkt samverkan kring genetik och NGS inom laboratoriemedicin, SU och SA/GU skapas goda möjligheter till bred och resurseffektiv kunskapsuppbyggnad till nytta för patienter och forskning. Om dig För att vara aktuell för tjänsten behöver du ha disputerat och det är meriterande om du är docent. Erfarenhet av utveckling och förändringsledning är ett krav. Tidigare chefs- eller ledningsuppdrag är meriterande, likaså vidareutbildning inom chef och ledarskap samt erfarenhet av laboratorieverksamhet och/eller genetisk analysverksamhet. Du har god kommunikativ förmåga och uttrycker dig väl i tal och skrift, på svenska och engelska. För att lyckas i rollen behöver du kunna leda och agera beslutsamt, fatta avvägda beslut, prioritera och delegera. Vi ser även att du har strategisk och analytisk förmåga samt trivs i en miljö där strategiskt arbete kombineras med utvecklingsarbete i högt tempo. Du är lyhörd och har förmåga att skapa samverkan, dialog och laganda samt att bygga relationer. Som person är du van att arbeta mot mål och har ett coachande och stödjande förhållningssätt. Du väljer arbetsformer som tillvaratar och utvecklar medarbetarnas kompetens samt inspirerar och skapar delaktighet i verksamheten. Rekryteringsprocessen Intervjuer med arbetsgivare och personalorganisationer planeras till vecka 34. Rekryteringstester vid Assessment center tillämpas som del i urvalet och genomförs den 3 september. Varmt välkommen med din ansökan! Om Västra Götalandsregionen Hos oss blir du en del av en större helhet. Vi är 56 000 medarbetare i över 200 yrken som varje dag gör skillnad i människors liv i hela Västra Götaland. Du bidrar till en trygg och jämlik vård samt till ett hållbart samhälle där miljö, kultur och goda kommunikationer skapar livskvalitet. Vi är mitt i en digital utveckling där du får vara med och forma framtidens arbetssätt för att förbättra och förenkla vardagen för invånare och verksamheter. Som tillsvidareanställd blir du krigsplacerad som en del av vårt gemensamma ansvar för att samhällsviktiga funktioner ska fungera även i kris. Vill du veta mer om oss? På vår webb kan du läsa mer om våra förmåner och möta medarbetare som varje dag gör skillnad och utvecklas i sina yrken. https://www.vgregion.se/jobba-i-vgr/sa-ar-det-att-jobba-hos-oss/ Ansökan Västra Götalandsregionen ser helst att du registrerar din ansökan via rekryteringssystemet. Om du som sökande har frågor om den utannonserade tjänsten eller av särskilda och speciella skäl inte kan registrera dina uppgifter i ett offentligt system - kontakta kontaktperson för respektive annons. Till bemannings-, förmedlings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings-, förmedlings- och rekryteringsföretag samt andra externa aktörer och försäljare av ytterligare jobbannonser. Västra Götalandsregionen har upphandlade avtal.